Τον Ιούνιο του 1824 ο πασάς της Καρύστου Ομέρ έλαβε εντολή να στραφεί κατά της Αττικής, σε μια εποχή που οι Έλληνες σπαράζονταν από εμφύλιες έριδες. Την ίδια περίοδο (24 Ιουνίου 1824), ο πρόεδρος του Εκτελεστικού, Γεώργιος Κουντουριώτης, όρισε φρούραρχο της Ακρόπολης τον δυναμικό οπλαρχηγό Γιάννη Γκούρα.
Πράγματι, στις αρχές Ιουλίου ο Ομέρ Πασάς αποβιβάστηκε στον Ωρωπό με 3.000 άνδρες (εκ των οποίων οι 2.000 γενίτσαροι), πυροβολικό και ιππικό. Αφού λεηλάτησε τη γύρω περιοχή, κατευθύνθηκε προς την Αθήνα. Μόλις πληροφορήθηκε το γεγονός ο Γκούρας συγκρότησε σώμα από 600 άνδρες, με τη συμμετοχή των χιλιάρχων Μαμούρη, Ρούκη και Πρεβεζιάνου και αποφάσισε να αναχαιτίσει τους Οθωμανούς στον Μαραθώνα. Στις 3 Ιουλίου 1824 κατέλαβε τον λοφίσκο (τύμβο) της πεδιάδας του Μαραθώνα με το παλαιό τείχος, απ’ όπου θα διάβαινε αναγκαστικά ο Ομέρ με τον στρατό του.
Οι πρώτες αψιμαχίες μεταξύ των δύο αντιπάλων έγιναν στις 5 Ιουλίου 1824. Πρώτα το πυροβολικό του Ομέρ άρχισε να βάλει κατά των ελληνικών θέσεων και στη συνέχεια ανέλαβαν δράση οι γενίτσαροι με το ιππικό, οι οποίοι αποκρούσθηκαν με σημαντικές απώλειες. Ο αγώνας εξελισσόταν αμφίρροπος και ο Γκούρας προσπαθούσε να ανεβάσει το ηθικό των στρατιωτών του, θυμίζοντάς τους τον άθλο των Αθηναίων κατά τον Περσών στον ίδιο χώρο πριν από 2.000 χρόνια.
Τότε, ως από μηχανής θεός, εμφανίσθηκε στο πεδίο της μάχης ο στρατηγός Διονύσιος Ευμορφόπουλος, προερχόμενος από την Κόρινθο. Είχε μάθει για την απόβαση των Τούρκων στην Αττική και έσπευσε με τους άνδρες του να βοηθήσει. Η απρόσμενη ενίσχυση αναπτέρωσε το ηθικό των Ελλήνων. Ο Γκούρας «σάλπισε» την αντεπίθεση και με την καθοριστική συνεισφορά των ανδρών του χιλίαρχου Γιάννη Ρούκη αιφνιδίασαν τους αντιπάλους τους και τους έτρεψαν σε φυγή. Οι Τούρκοι άφησαν στο πεδίο της μάχης 260 νεκρούς, τον αρχηγό των γενιτσάρων Ιμπραήμ, καθώς και πλούσια λάφυρα, όπλα και δύο σημαίες.
Μετά τη μάχη, ο Γκούρας, μιμούμενος το βάρβαρο επινίκιο τουρκικό έθιμο, έκοψε τριάντα κεφάλια από τους Τούρκους πεσόντες και τα απέστειλε στην Αθήνα μαζί με τις δύο πολεμικές σημαίες, εν είδει θριάμβου.
Παράλληλα, με επιστολή του προς τους δημογέροντες των Αθηνών χαρακτήρισε τη νίκη του ανώτερη σε ηρωισμό από εκείνη της Γραβιάς (8 Μαΐου 1821), γιατί «ενίκησαν εκεί όπου ενίκησε πάλαι ποτέ και ο Μιλτιάδης».
Ο Ομέρ Πασάς, μετά την ήττα του, υποχώρησε με τον στρατό του στο Καπανδρίτι, ενώ ο Γκούρας με τον Ευμορφόπουλο επέστρεψαν στην Αθήνα για να ετοιμάσουν την άμυνα της πόλης. Ο Οθωμανός πολέμαρχος θα επιχειρούσε να καταλάβει την Αθήνα για δεύτερη φορά στις αρχές Αυγούστου του 1824.
