Για τις 4 Απριλίου 2024 διεκόπη η δίκη του πατέρα Αντώνιου στο Τριμελες Πλημμελειοδικείο της Αθήνας για τις καταγγελίες που αφορούν κακοποιητικές συμπεριφορές σε βάρος τροφίμων της «Κιβωτού του Κόσμου» από το 2018 έως τον Αύγουστο του 2022.
Συγκεκριμένα, οι υποθέσεις που πρόκειται να εκδικαστούν αφορούν αξιόποινες πράξεις που φέρονται να έχουν τελεστεί στις δομές της Αθήνας, του Βόλου, της Χίου και της Καλαμάτας.
Η δίκη έχει λάβει ήδη δύο αναβολές και σήμερα διεκόπη για τις 4 Απριλίου, ενώ αναμένεται η διαδικασία όταν αρχίσει επί της ουσίας να διαρκέσει επί μακρόν λόγω τους πλήθους των μαρτύρων.
Η διακοπή δόθηκε μετά από αίτημα του συνηγόρου του πατέρα Αντωνίου για λόγους υγείας.
Στο κατηγορητήριο της υπόθεσης περιλαμβάνονται τα πλημμελήματα της βαριάς σωματικής βλάβης, της επικίνδυνης σωματικής βλάβης, της απειλής και της ηθικής αυτουργίας στα παραπάνω αδικήματα, κατηγορία η οποία έχει αποδοθεί στον πατέρα Αντώνιο, καθώς φέρεται είτε να γνώριζε είτε να υπαγόρευε τις κακοποιητικές συμπεριφορές στους υπαλλήλους της «Κιβωτού του Κόσμου» και συγκατηγορούμενους του.
Ανακοίνωση της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών για τα περί συναντήσεως του π. Αντωνίου Παπανικολάου με τον Αρχιεπίσκοπο
«Ο Μακαριώτατος δέχθηκε τον π. Αντώνιο όπως ακριβώς δέχεται κάθε πρόσωπο που αιτείται ακροάσεως, πολλώ δε μάλλον όταν πρόκειται για κληρικό και δη της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών. Ο Μακαριώτατος τόνισε στον π. Αντώνιο να έχει πίστη στον Θεό και εμπιστοσύνη στην ανεξάρτητη Δικαιοσύνη. Οτιδήποτε άλλο γράφεται ή λέγεται και οτιδήποτε ισχυρίζεται ή φέρεται να ισχυρίζεται ο π. Αντώνιος απέχει μακράν και της πραγματικότητας και της αληθείας». Στην ανωτέρω ανακοίνωση προέβη το Γραφείο Τύπου της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών με την επισήμανση ότι «O Μακαριώτατος Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος Ιερώνυμος δέχθηκε την προηγούμενη εβδομάδα σε ακρόαση τον Αιδεσιμώτατο Πρεσβύτερο π. Αντώνιο Παπανικολάου κατόπιν αιτήματος του τελευταίου».
Ο π. Αντώνιος Παπανικολάου ίδρυσε και λειτούργησε τη Μη Κερδοσκοπική Οργάνωση «Κιβωτός του Κόσμου».