Την άποψή του για τα όσα του καταλογίζουν για την «Κιβωτό του Κόσμου», παρουσίασε ο πατέρας Αντώνιος σε αποκλειστικές δηλώσεις του προς το δημοσιογράφο Άλεξ Στεφανόπουλο.
Όπως δήλωσε χαρακτηριστικά o πατέρας Αντώνιος Παπανικολάου: «Έχω απόλυτη εμπιστοσύνη στον Θεό. Είμαι λειτουργός του Υψίστου και είμαι έτοιμος να αποδεχτώ ό,τι ο Θεός επιτρέψει είτε κατά παραχώρηση είτε κατά ευλογία. Μετέχω στο σχέδιο του Θεού ενεργά και για του μυστηρίου της ιερωσύνης και της Χάριτος που μου εκχωρήθηκε κατά την χειροτονία μου και εις διάκονο και εις πρεσβύτερο.
Επομένως γνωρίζω τη σταυρική και μαρτυρική πορεία προς τον Γολγοθά όπως γνωρίζω με την ίδια βεβαιότητα και το τέλος αυτής της μαρτυρικής πορείας που είναι η ανάσταση και η δήλωση πρώτα ενώπιον του Θεού και ύστερα ενώπιον των ανθρώπων.
Η αγωνία μου είναι το μέλλον μόνον αυτών όλων των παιδιών, τα όνειρα, η πορεία και οι ελπίδες τους. Το μήνυμα που εκπέμπω και επιθυμώ να φτάσει τους Έλληνες πολίτες είναι: Δεν σας πρόδωσα! Δεν πρόδωσα την εμπιστοσύνη σας! Δεν πρόδωσα την αγάπη και τον σεβασμό σας! Έχω εμπιστοσύνη στην Ελληνική Δικαιοσύνη!».